El ecosistema acuático son aquellos ecosistemas que tienen por biotipo algo de agua, como pueden ser: mares, océanos, ríos, lagos y pantanos. Los dos tipos mas destacados son: los ecosistemas marinos y los ecosistemas de agua dulce.
Los mamíferos mexicanos incluyen el mayor numero de especies marianas del planeta, la mayor parte de las cuales se encuentran en el Golfo de California, entre ellos la vaquita marina, que es una especie endémica de la parte alta de dicho Golfo. A nivel nacional, la icitiofauna se estima en aproximadamente 2,122 especies con 779 géneros.
Las principales amenazas a la biodiversidad marina de México se encuentran las descargas de contaminantes, el impacto de la sedimentación en los arrecifes por el arrastre de partículas del suelo producto de la deforestación de las cuencas medias y altas, la sobreexplotación pesquera, el turismo no controlado, las especies invasoras, y el blanqueamiento del coral producto del cambio climático global.
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